Джунгарские хомяки отличаются активным и любознательным характером, несмотря на свои миниатюрные размеры. Эти маленькие грызуны преимущественно ведут ночной образ жизни, проявляя наибольшую активность в вечерние и ранние утренние часы. Они достаточно дружелюбны и при правильной социализации хорошо идут на контакт с человеком, хотя могут проявлять некоторую пугливость при резких движениях или громких звуках. Джунгарские хомяки обладают индивидуальным характером: некоторые особи более спокойные и ручные, другие могут быть более активными и независимыми. Они любят исследовать территорию, играть с различными игрушками и туннелями, а также создавать уютные гнезда из мягких материалов. В отличие от многих других видов хомяков, джунгарские хомяки менее агрессивны и лучше уживаются с сородичами, хотя все же предпочтительно содержать их по одиночке во избежание конфликтов.