Догляд за мальтійською болонкою вимагає значної уваги та регулярності. Їхня довга, шовковиста шерсть потребує щоденного розчісування спеціальною щіткою для запобігання утворенню ковтунів. Купання рекомендується проводити кожні 2-3 тижні з використанням спеціальних шампунів для білої шерсті. Особливу увагу слід приділяти області навколо очей, яку потрібно щодня очищати від виділень, щоб запобігти появі плям та подразнень. Регулярного догляду потребують також вуха - їх слід чистити щотижня, щоб запобігти накопиченню вушної сірки та розвитку інфекцій. Кігті підстригають кожні 2-3 тижні. Важливо регулярно чистити зуби собаки, оскільки порода схильна до зубного нальоту та карієсу. Мальтезе потребують помірних фізичних навантажень - достатньо двох щоденних прогулянок по 20-30 хвилин та ігор вдома. При виході на вулицю в холодну або дощову погоду рекомендується одягати собаку в спеціальний одяг.

Харчування мальтійської болонки повинно бути збалансованим та відповідати її віку, розміру та рівню активності. Можна обрати якісний сухий корм преміум-класу, спеціально розроблений для дрібних порід собак, або готувати натуральну їжу. При виборі натурального харчування раціон повинен включати нежирне м'ясо (курка, індичка, кролик), варені овочі, крупи (рис, гречка) та кисломолочні продукти. Важливо уникати продуктів, що можуть викликати алергію або подразнення шлунку. Порції повинні бути невеликими, розділеними на 2-3 годування на день. Особливу увагу слід приділяти кількості їжі, оскільки мальтезе схильні до ожиріння. Щеням потрібно більше прийомів їжі - 4-5 разів на день. Обов'язково забезпечте постійний доступ до свіжої води. Деякі представники породи можуть бути перебірливими в їжі, тому важливо з дитинства привчати собаку до різноманітного харчування.

Мальтійські болонки загалом здорові собаки, але схильні до певних спадкових захворювань. Найпоширенішими проблемами є: патології очей (прогресуюча атрофія сітківки, катаракта), захворювання колінних чашечок (вивих надколінка), проблеми з зубами та яснами, алергії. Можуть зустрічатися респіраторні проблеми та синдром "трахеального колапсу". Важливо регулярно відвідувати ветеринара для профілактичних оглядів та своєчасної вакцинації. При належному догляді середня тривалість життя становить 12-15 років.